Sjö aldir mikillra umsvifa í Skálholti hafa skilið eftir sig óhemju magn af rusli, ösku, matarleifum, ónýtum og týndum gripum og örðum úrgangi Einnig hafa lífrænar leifar(þ.e. bein, tré, leður, ull o.s.frv.) varðveist einstaklega vel. Þetta gefur færi á fjölbreytilegum rannsónum og koma sérfræðingar úr ýmsum fræðigreinum að verkefninu til að rannsaka hina ólíku þætti, sem geta varpað ljósi m.a. á mataræði, efnahag, heilsufar umhverfisbreytingar og landnýtingu. 

​

Vinna við fornleifauppgröft krefst mikillar sérþekkingar og er hún líkamlega erfið. Starfsmenn við uppgröft eru bæði sérmenntaðir fornleifafræðingar og nemendur, sem nota þróaðar uppgraftar aðferðir og besta fáanlega tækjabúnað. Áður en hinn eiginlegi uppgröftur hófst, var gerð viðnámsmæling á hluta af bílastæðinu. Notuð eru tæki sem gera mögulegt að sjá eðli og umfang mannvirkjaleifa sem leynast undir yfirborðinu. Þá var rannsóknarsvæðið vandlega mælt upp og hnitakerfi lagt út. Meginvinnan felst í uppgreftinum sjálfum, þar sem allar mannvistarleifar og gripir eru vandlega teiknuð upp og skráð. Þetta er gert svo að hægt sé að átta sig að fullu á þróun bygginganna, notkun þeirra og því sem gerðist þegar þær voru yfirgefnar.   Allar leifar og jarðlög eru skráð, ljósmynduð, teiknuð, hæðamæld, staðsett í hnitakerfi og þeim lýst nákvæmlega. Þannig er hægt að varðveita allar upplýsingarnar um fornleifarnar.

​

 

Niðurstöðurnar voru þær að minjar bygginga frá 18 öld fundust. Á miðju uppgraftarsvæðinu eru göng með sternuna norður-suður. Vestan við þau eru byggingar tengdar biskupsetrinu en austanmegin eru leifar sjúkrastofu, skóla og skólaskála eða svefnstofu skólarpilta. Í Skálholti var snemma stofnaður skóli fyrir prestaefni og eftir siðaskiptin voru þar yfirleitt 30-40 skólapiltar sem bjuggu við harðan kost. Undir gólfi skólans kom í ljósumbúnaður, sem talinn er vera leifar eftir miðstöðvarhitun. Stokkur úr hellum hefur legið undir gólfinu , upp frá ferhyrndum hellukassa úr grjóti. Þar gæti hafa staðið járnofn og heitt loft frá honum sem leitt hefur verið upp timburlöflum og má vera að þessi hitunarbúnaður hafi átt að bæta þar úr. Í miðjum austurvegg skólans kom í ljós eldstæði eða ónn en hann tilheyrir eldra stígi skólahússins en stokkurinn. Ónninn er svo stór að menn hafa gerað setið inni í honum og má vera að skólasveinar hafi þannig skipst á að halda á sér hita. 

​

Tímasetning minja

​

Ýmsar aðferðir eru notaðar til að tímasetja mannvistarleifar. Ritheimildir skipta miklu máli, ekki síst við rannsókn staða eins og Skálholts sem miklar heimildir eru til um. Á Íslandi kemur eldfjallaaska(gjóska) einnig að góðum notum. Gjóskulög er yfirleitt hægt að þekkja og tímasetja. Þannig fæst afstæð tímasetning á þeim mannvistarleifum sem finnast undir eða yfir gjóskulögum. Á Skálholtsstað finnst gjóskulög einkum í byggingartorfi  en í túnum í kring koma þau einnig að góðum notun við tímasetningar á ræktunarsögu staðarins. Önnur aðferð aldursgreinungu er að nota gripi sem finnast í mannvistarlögum til að tímasetja minjarnar. Þekking, reynsla og rannsókn gerir fornleifafræðingum kleift að aldursgreina gripina og átta sig á því frá hvaða tíma minjarnar eru.