Skálholt skipar merkilegan sess í örlaga- og varðveislusögu íslenskra miðaldabóka og handrita. Skálholtskirkja hefur án efa frá fyrstu tíð átt eitthvert safn bóka sem farið hefur vaxandi eftir því sem aldirnar liðu.
Þar voru ritaðar bækur og handritin sem þar voru varðveitt eru nú ýmist týnd eða komin á söfn í Reykjavík, Kaupmannahöfn og víðar um lönd.
Í kirkjubrunum sem urðu í Skálholti 1308 og 1527 og þegar biskupssetrið sjálft brann 1630 hefur fjöldi bóka og skjala farið forgörðum. Þeir atburðir hafa orðið hvati þess að nýjar bækur voru gerðar á staðnum og annarra aflað innanlands og utan.
Biskupar safna handritum
1639-1674 sat Brynjólfur Sveinsson biskupsstólinn í Skálholti og var hann einn stórtækasti safnari íslenskra handrita fyrir daga Árna Magnússonar. Friðrik 3. Danakonungur mæltist til að hann útvegaði sér fornar bækur og fóru því margar af merkustu miðaldabókum Íslands um hendur Brynjólfs biskups í Skálholti áður en leið þeirra lá úr landi í bókhlöðu konungs í Kaupmannahöfn eða í einkabókasöfn erlendra góðvina biskupsins. Má þar nefna Konungsbækur Eddukvæða, Snorra Eddu og Grágásar og Flateyjarbók, einnig Uppsalahandrit Snorra Eddu og mörg fleiri rit.
Sjálfur átti Brynjólfur biskup merkilegt bókasafn og lét skrifa upp fyrir sig ýmis forn handrit sem síðan hafa glatast og eru nú aðeins varðveitt í þessum uppskriftum frá dögum hans, eins og til dæmis Íslendingabók og Landnámabók.
Eftirmaður Brynjólfs, Þórður Þorláksson biskup, átti einnig gott handritasafn. Árna Magnússyni tókst að ná saman lunganum úr báðum þessum merku bókasöfnum. Árið 1699 fékk Árni Magnússon stóra sendingu handrita frá vini sínum, Jóni Vídalín, sem þá var nýtekinn við biskupsembætti í Skálholti og alls fékk hann frá Jóni um 35 skinnbækur sem flestar hafa sennilega verið eign dómkirkjunnar. Á Skálholtsárum sínum 1702-1712 hafði Árni Magnússon mörg handrit sín hjá sér og vegna ófriðar sem þá ríkti á milli Svía og Dana var þeim ekki hætt yfir hafið til Danmerkur fyrr en 1720.
